De EduGIS atlas bevat honderden digitale kaartlagen. Naast de topografische achtergrondkaartlagen en luchtfoto’s van het Kadaster, Google en OpenStreetMaps zijn veel thematische kaarten opgenomen. Een groot aantal kaarten zijn gebaseerd op CBS gegevens (zie afbeelding), zoals kaarten van de bevolkingsdichtheid, het gemiddeld inkomen, de etnische samenstelling en de leeftijdsopbouw per buurt. Daarnaast biedt EduGIS een zeer gedetailleerde hoogtekaart van het AHN. Als je op deze kaart inzoomt naar Zeeland kun je de ligging van kreekruggen en verschillende duinvormen herkennen.

Ook biedt EduGIS historische kaartlagen uit de Atlas van Blaeu en historische kaarten van de Topografische en Militaire Kaart uit 1910. De kaartlagen met informatie over gebouwen (BAG = Basisregistratie Adressen en Gebouwen) zijn zeer gedetailleerd. Deze kaartlagen geven informatie over het gebruiksdoel en het bouwjaar per gebouw.

Alle EduGIS kaartlagen zijn te bekijken op verschillende schaalniveaus: je kunt in en uitzoomen tot het gewenste detailniveau. Daarnaast kun je ook informatie opvragen die gekoppeld is aan de kaarten. Door te klikken op plaatsen in de hoogtekaart zie je direct wat de precieze hoogte is op een bepaald punt, zonder dat je in de legenda hoeft te kijken. Een groot voordeel van de EduGIS atlas is de mogelijkheid om kaartlagen over elkaar heen te leggen. Leg bijvoorbeeld de kaart van het %VVD stemmers per buurt over de kaart van het gemiddeld inkomen per buurt. Door de kaart van het %VVD stemmers aan en uit te zetten, of de transparantie te veranderen van 0 tot 100%, zie je duidelijk dat er sprake is van een correlatie. Op dezelfde manier kun je ook kaarten van grondsoort en landgebruik over elkaar heen leggen. EduGIS helpt zo om leerlingen ruimtelijke relaties tussen verschijnselen te leren herkennen.